Почему звуки часто обозначаются на письме не своими буквами

звук - единица звучащей речи, а буква - графический знак для обозначения звука речи на письме.

Звуки произносятся и слышатся, а буквы пишутся и читаются. Звучащая речь - естественный способ существования языка, его материальное выражение, а письменность - искусственное, созданное человеком средство фиксации, записи звучащей речи при помощи графических знаков. Звуки есть в любом языке, независимо от того, имеется ли письменность на этом языке, так как звучащая речь первична по отношению к письму.

Итак, звучащая речь фиксируется на письме при помощи букв. При этом предполагается, что каждый звук должен иметь свое графическое обозначение - букву. Так, например, слово дом состоит из трех звуков - [д], [о], [м] - и на письме, соответственно, представляет собой последовательность трех букв - д, о, м. Если каждый произнесенный звук записывается отдельной буквой, то в основе письменности лежит фонетический принцип - "пишу, как слышу". Однако очевидно, что русское письмо устроено по-другому (см. Принципы русской орфографии).

В русской звучащей речи трудно найти два совершенно одинаковых звука: звуки могут заметно меняться в зависимости от позиции (например, гласные под ударением и в безударной позиции, согласные в позиции конца слова), могут меняться и под воздействием соседних звуков (озвончение глухих согласных перед звонкими, оглушение звонких согласных перед глухими). Тем не менее, на письме эти разные звуки часто обозначаются одной буквой. Например, в слове кот мы слышим звук [о] и пишем букву о, а в слове кота мы произносим и слышим звук [а] в корне, но пишем ту же букву о. Или на конце слова пруд мы пишем букву д, хотя произносим не звук [д], как в слове пруда, а звук [т].