С приставкой "не" это существительное образует форму именительного падежа множественного числа обычным способом, а без "не" - достаточно редким. о каком слове идёт речь?

Не и ни это частицы, а не приставки.

Удивительно, но факт: пунктуация в русском языке возникла лишь в конце пятнадцатого века, а до того практически все слова писались слитно и даже без пробелов. Запятая же появилась в русской письменности в первой половине шестнадцатого века. К цифре 5 она отношения не имела, будучи причастием от древнерусского глагола запяти - "препятствовать, задерживать". Самое интересное, что к той же древнерусской основе пяти, чередующейся с пьну, восходят слова "пинать", "запинаться" и, собственно "препинание", знаком которого и является запятая.