В чем орфографическое различие частиц и омонимичных с ним слов?

Так-с, частицы, прежде всего, не изменяются, не являются членами предложения. Принято подчёркивать отрицательную частицу раздельно со словом, к которому она относится.

Различение частиц и омонимичных форм

Частица ни выступает:

Как отрицательная в конструкциях безличного предложения с опущенным сказуемым.

Как усилительная при наличии уже выраженного отрицания.

При повторении частица ни выступает в роли повторяющегося сочинительного союза.

Источник: Генон, ну а там, вероятно, написан настоящий источник.