Приведите примеры из математики, когда, казалось, абсолютные истины не выдерживали проверки временем.

Из математики такие примеры сложно привести. В математике как раз с проверкой временем все хорошо было. Математика - это наука положения которой выводятся дедуктивным путем из конечного набора исходных аксиом. Так что не выдержать проверку временем могут только исходные аксиомы. А они проверку временем выдержали. Правда, появились новые разделы математики, построенные на другом наборе исходных аксиом. Например, неэвклидова геометрия. Неэвклидова геометрия основана на замени постулата эвклидовой геометрии:

"На плоскости через точку, не лежащую на данной прямой, можно провести одну и только одну прямую, параллельную данной."

на другие постулаты (Геометрия Римана, Геометрия Лобачевского).

Появились в математике мнимые и комплексные числа, которых ранее не было. (Кардано, 16 век.) ... Много чего появилось. Однако появление новых разделов математики не отменяло ранее установленные закономерности, а расширяло их понимание.