Считаются ли в сочинении огэ по литературе слова, которые оформлены в цитату? (цитаты из текста произведения)

Конечно считаются, в сочинении цитаты тоже входят

Если вы имеете ввиду сочинения ОГЭ, нет, не считаются (если вы цитируете из предложенного для анализа текста). Поэтому, если есть необходимость употребления цитаты, проще указывать номера необходимых предложений.

Если же вы цитируете в аргументации другого автора (не из предложенного к анализу текста), например, несколько строк из стихотворения, то да, все слова считаются