Почему Толстой называет эти минуты лучшими это из 2 тома 3 части, встреча с дубом

Потому что у князя Андрея потерян смысл в жизни, он считает что нужно дать дорогу молодым, что он стар что бы что-то уже менять в своей жизни. Когда он видит дуб, который среди молодых цветущих деревьев чахнет, он сравнивает себя с ним.

Но на обратном пути (после встречи с Наташей) он видит как дуб расцвел, и понимает что не все потеряно.

Эпизод встречи князя Андрея Болконского со старым дубом является одним из поворотных мест в романе: это переход на новый этап жизни, полная перемена мировосприятия героя. Встреча с дубом - перелом в старой его жизни и открытие новой, радостной, в единении со всем народом.

Ну, насчёт единения с нароом автор предыдущег ответа погорячился, мне кажется. А вот то, что "жизнь не кончена в 31 год" - действительно переломный момент в жизни князя Андрея. Неожиданно для себя он открыл в себе эту жажду жизни, возможность ощутить её полноту и счастье! Конечно, начало этого прображения - свидание с Пьером, которое "было эпохой для Князя Андрея", их разговор на пароме ... Но именно встреча с Наташей, её распахнутость навстречу жизни была так заразительна, что ...

Ну, дальше всё понятно, верно?