Почему русская армия потерпела поражение в русско-японской войне?

Могу предложить 2 варианта.

Основной причиной было общее гниение государства. Из него выросли все остальные. И очень частая путаница бюджета с личным карманом, и незавершённость перевооружения, и отсутствие к началу конфликта должной концентрации военных сил в Маньчжурии, и скверное командование. Позволили японцам высадить десант и не разгромили его в те несколько дней, когда шторма мешали поддержке. К началу войны не завершили строительства укреплений. Японский флот имел больше миноносцев, общего числа судов, более мощную взрывчатку, владел инициативой в решающем сражении, а российская эскадра шла строем, не совершив ни одного манёвра и не получив за весь бой ни одного приказа адмирала. Порт-артур отличился двоевластием во время осады, и это не считая грызни адмиралов и генералов.

Поражение это слишком громко сказано. К тому времени, когда Николай II принял решение о мирных переговорах, Япония уже дважды безрезультатно предлагала их. Война-ресурсы, а в этом плане Россия еще долго могла ее вести в отличии от японцев. Теперь о результатах. Япония получала южную часть Сахалина (уже оккупированную), арендные права на Ляодунский полуостров и Южно-Маньжурскую железную дорогу и Корея объявлялась зоной ее интересов. Япония требовала 1,2 млрд иен контрибуции, но ей было отказано. И вы хотите сказать, что это победа. Кстати в Токио прошли беспорядки - японцы были недовольны результатами своей "победы".