Выдвинув цель истрибить всех дворян до единого, восставшие крестьяне нередко назначали начальниками своих отрядов взятых в плен рыцарей даже вопреки их желанию. Почему они так поступали?

Логика подсказывает (тебе), что наверное по тому, что колхозники незнали ничего про тактику и стратегию, соответсвенно немогли вести солдат в бой, не знали про построения, фланги, куда кавалерию куда пехоту понатыкать и т. д. А рыцари как раз обучались искуству ведения войны, а соответственно все это знали и могли применить!