Почему малочисленными отрядами конкистадоров удавалось побеждать целые армии и покорять огромные территории?

Потому что-

1 - основным преимуществом было наличие кавалерии и огнестрельного оружия, что позволяло конкистадорам проводить успешные атаки на индейские поселения, (большая часть индейских племен воспринимала конкистадоров за Богов, лошадей индейцы считали огнедышащими драконами. Соответственно, воевать с Богами, прибывшими "из легенд" не решались.) Причем, местное население испытывало панический страх при виде собак и всадников, считая последних вообще единым целым существом ...

2 - множество болезней "пришедших" с конкистадорами уничтожали целые поселения, так что даже не надо было воевать