Как учёные различают атомы? Как, допустим, они пришли к выводу, что ДНК состоит из таких-то и таких-то атомов, а не из других? Они это делают с помощью какого-то прибора или через электронный микроскоп как-то высматривают? Расскажите подробней, очень интересно.

(то есть как они понимают, что это - Натрий, а вот это вот - Кальций?)

На такие вопросы отвечает Аналитическая химия. Состав вещества устанавливают с помощью химического анализа. Методов проведения анализа множество: например, если вы предполагаете, что в объекте исследования находится определенное вещество, можно попробовать провести реакцию, с которой реагировало бы именно это вещество. Если я предположу, что в моем веществе содержится Купрум, можно подействовать на него щелочью. Если получится голубой осадок - значит, я прав, если нет - надо продолжать поиски. Можно проверять вещество на растворимость, летучесть, плавкость. Для установления полного качественного и количественного состава веществ, их строения, приходится проводить сотни экспериментов.

ДНК исследовали методом хроматографии - разбивали молекулу на составные части и отделяли их друг от друга, а потом работали с каждой частью по отдельности.

Но что бы отличить Натрий от Кальция, не нужно идти так далеко. Если перед нами чистые простые вещества, достаточно взглянуть на внешний вид (Кальций выглядит как кристаллы), плотность (Кальций будет тяжелее)