Объясните почему через некоторое время некоторое время вода в пробирке которую держат над пламенем спиртовке нагревается.

Происходит процесс передачи тепла (энергии) горения спиртовки через стенки сосуда, жидкости. Внутри самой жидкости возникает конвекция. Это явление, когда тёплые слои жидкости поднимаются вверх, а холодные опускаются вниз. Таким образом жидкость достаточно равномерно нагревается.

Температура является макроскопическим показателем внутренней энергии тела.

При горении, происходит химическая реакция (разрыв и создание новых связей), в результате которой молекулы, участвующий в гарении приобретают большую кинетическую энергию, которую, ударяюсь о сосуд передают молекулам пробирки, а те уже передают её молекулам воды.

Энергия также передаётся в виде излучения. Свет, который вы видите (и не видите) при горении, явлется по сути переносчиком энегии. Фотоны, выдилившиеся при переходах электронов в атомах между энергетическими уровнями, также поглащаются молекулами стекла и воды.