С какими трудностями было связано становление анатомии и физиологии?

По большей части старались изучать анатомию. Но т. к. это противоречило религии (вскрытие тел считалось грехом у христиан), только позднее разрешалось вскрывать тела умерших преступников. Еще опасались того, что медиков (и всех тех кто лечил людей) называли магами, которых Инквизиция подвергала пыткам и сжигала.