Для каких пар аллельных генов справедлив третий закон Менделя? При каком расположении различных пар аллельных генов он "не работает"?

Третий закон Менделя применим к наследованию аллельных пар, находящихся в негомологичных хромосомах.

Если вопрос касается исключительно расположения генов, то закон не проявляется при сцепленном наследовании. Сцепление может нарушиться, если в процессе мейоза происходит кроссинговер. Чем дальше удалены аллельные гены друг от друга в хромосоме, тем выше вероятность кроссинговера.